1993年7月23日在日本上市的Sega遊戲《超級忍2 大師歸來》(ザ・スーパー忍II/Shinobi III Return of the Ninja Master)，復刻版上市的平台有2007年7月3日的Wii Virtual Console、2013年8月7日的3DS，被收錄在合輯的主機有PS2、PSP、Xbox 360、PS3。

距離上次事件結束兩年後，Neo Zeed再次捲土重來，這次由暗影大師(Shadow Master)所領軍。正在修練的喬．武藏(Joe Musashi)在得知消息後，從日本的深山離開，準備以傳說中的忍術再次對抗邪惡組織。

遊戲採單人模式進行。相較於前作，整體的控制更加順暢，困難度大幅降低。主要功能仍是跳躍、射手裡劍及施展忍術。手裡劍若歸零，就用刀近身揮擊。可以在首頁畫面的選項(Options)中修改遊戲難度、手裡劍數量、按鈕設定及音樂測試等。

遇到攀爬的山坡，可以左右來回跳躍登頂，需注意有部分隱藏道具需要透過攀爬才能取得。跳踢是新增的能力，還有空中衝刺及可以暫時呈現無敵狀態的跑動斬殺。沒有時間限制。

總共四種特殊忍術(Ninjitsu)，每個舞台只能使用一種，除非在隱藏的地方擊敗特定敵人後取得的獎賞。四種忍術有臨時盾牌(Temporary shield):在一定時效內被敵人攻擊無損血量、火龍召喚(Summon fire-dragons):會攻擊畫面中的所有敵人增強、垂直跳躍能力(vertical leap boosting)、犧牲生命(self-sacrificing):損失一台數來造成敵人或是頭目的傷害。 

總共有七大關卡所組成，每關都有需要打倒的頭目，打倒後就能移動到下個舞台。

1. Zeed的復活(Zeed’s Resurrection):喬．武藏(Joe Musashi)發現Neo-Zeed又開始重出江湖，決定從修練的深山離開，進入日本森林及洞穴與刺客及變異武士對決。 

2.秘密進入(Secret Entry):武藏在風雨交加的氣候下，騎著馬穿越草原，刺客不斷的從風箏降下後展開攻擊。畫面會出現危險的指令，這時候準備跳躍木頭障礙物。頭目是橘色穿著的影武者，需要避開他的大量長茅射擊。接著來到現代化的基地，出現許多擁槍士兵，搭電梯的時候要特別注意移動狀況跟周圍障礙物，否則容易掛掉。最後會碰到懸浮式機器人，會用子彈、炸彈、激光射擊。

3.身體武器(Body Weapon):在生化武器實驗室中，有許多變形的大腦及敵人，深入下水道後，會碰到巨大醜陋的九頭蛇。 

4.毀滅(Destruction):Neo-Zeed在武藏家鄉附近建造巨大的機器人工廠，在河流衝浪的過程中與忍者打鬥，需要擊敗使用激光跟機槍的機器人頭目。 

5.電魔(Electric Demon):森林裡設有隱密的軍事設施，當完成與游擊隊的戰鬥後， 登上軍事設施的屋頂，居然遇到巨型噴火的機器人恐龍。 

6.陷阱(Traps):在峽谷突破刺客的圍剿，擊倒人形老鷹後，終於抵達Neo-Zeed的據點，在一個被霧氣壟罩的寶塔內，有許多的陷阱跟複雜的通道，而之前在初代最終關卡交手的忍者大師(Ninja Master)，正在這等著武藏的到來。 

7.最終的對抗(The Final Confrontation):武藏來到該組織的巨大空中堡壘，碰到擁有與武藏一樣的強大的戰鬥力的暗影大師，他的武器殺傷力相當驚人。 

1993年上市的卡帶，很意外地居然沒有儲存功能或是密碼續關設計，但卻隱藏相當好用的密技。

遊戲中最強的密技就是無敵(Invincibility):可以在選項畫面進行設定，將指令移動到"S.E."，然後依照順序撥放以下的音樂(選好後按B紐):"He Runs"、"Japonesque"、"Shinobi Walk"、"Sakura"、"Getufu"，結束後離開。按開始進行遊戲後，會發現當受到敵人的攻擊時，身體會呈現透明狀態，但血量都不會減少，若跳落陷阱還是會造成死亡。 

無數量限制的手裡劍(Unlimited weapons):來到選項(Options)畫面，將"手裡劍(Shurikens) "的數量先調整到0，移動到聲音的選項，選擇"手裡劍(Shurikens) "，這時候會發現手裡劍的數量變成無限的符號。進行遊戲的時候，不管發射多少發 數字都維持在999。 

額外分數(Bonus points):當通過關卡的過程中，都沒有射出任何的手裡劍，就會有三萬分的獎勵。