【曲目一覧】
[1]〈PRIME　SIDE〉(1)タイトル(2)メニューセレクト(3)プロローグ(4)フリゲートオルフェオン(5)VS.パラサイトクイーン(6)フリゲートオルフェオン脱出(7)惑星ターロン4(8)チョウゾ古代遺跡(9)VS.ハイブトーテム(10)VS.ジャイアントビートル(11)チョウゾルーインズ(12)エネルギーコア(13)VS.フラーグラ(14)ラヴァケイブス(バーニングトレイル)(15)ラヴァケイブス(16)アイスバレイ(17)アイスチャペル(18)スペースパイレーツ(ラボラトリーゲート)(19)VS.スペースパイレーツ(20)VS.サーダス(21)ターロンオーバーワールド(22)チョウゾエルダー大聖堂(23)VS.チョウゾゴースト(24)アイスバレイ(フェンドラナ地底湖エリア)(25)墜落船フリゲートオルフェオン(26)フェイゾンマインズ(27)フェイゾンエリア(28)VS.オメガパイレーツ(29)アーティファクト神殿(30)VS.メタリドリー(31)アーティファクト神殿～(チョウゾウの封印解除)(32)インパクトクレーター(33)VS.メトロイドプライム(スパイダー)(34)VS.メトロイドプライム(ヘッド)(35)神殿崩落～エピローグ(36)エンディングスタッフロール(37)エンドジングル(38)レコード・オブ・サムス(39)サムス登場ジングル(40)アイテム取得ジングル(41)アーティファクト取得ジングル[2]〈FUSION　SIDE〉(1)メトロイドフュージョン(アレンジバージョン)(2)タイトル(3)セクター1(SRX)SR388再現エリア(4)環境音(静寂1)(5)環境音(緊張)(6)環境音(衝撃)(7)巨大生命反応へ向かえ(8)対決前緊張(9)VS.マルカラ(10)X侵入発覚(11)ナビゲーションルーム(12)VS.コアX，鳥人像第二形態(13)環境音(不穏)(14)セクター2(TRO)熱帯エリア(15)VS.ザザビー，バリアコアX(16)環境音(静寂2)(17)セクター4(AQA)水位制御エリア(18)VS.イシュタル，ゲドゥ(19)セクター3(PYR)高温地帯エリア(20)VS.ボクス(21)セクター6(NOC)暗闇エリア(22)SA-X出現(23)セクター5(ARC)低温地帯エリア(24)セクター3緊急事態発生(25)セクター3冷却装置回復タイマーミッション(26)環境音(陰謀)(27)VS.鳥人像第一形態(28)VS.ナイトメア(29)セクター4(AQA)水中エリア(30)VS.ネオリドリー(31)最終指令(32)VS.SA-X(33)ステーション脱出タイマーミッション(34)エピローグ(35)エンディング(36)登場ジングル(37)アイテム取得ジングル