長期以來的和平即將結束，Plamamecia帝國的皇帝，從地下世界召喚出四隻怪獸，企圖征服整個世界。來自Fynn王國所組成的反抗軍決定阻止皇帝的野心，不幸的是Fynn王國的城堡很快就淪陷，於是反抗軍被逼迫撤退到Altair的城鎮內。四名主角的父母都被帝國軍所殺害，於是展開逃亡。少年們分別為胡立歐尼魯(Firion)與瑪麗雅(Maria)、凱(Guy)以及瑪麗亞的弟弟雷歐夏洛特(Leon)，全部躲在森林中避難，不幸被帝國軍發現後打敗。主角胡立歐尼魯醒來之後發現身處反抗軍總部的阿爾迪亞鎮(Altair)內，救他的是來自反抗軍的公主Hilda跟魔法大師Minwu。

沒多久離開房間後，就會發現瑪利雅以及凱，但是雷歐夏洛特則是失蹤中。在與Hilda公主持續交談後就會得到反抗軍的密碼:野薔薇（Wild Rose/のばら），準備起身往芙茵王國前進。到了上方的芙蓉王國會發現，到處都是士兵，商店內都沒有人在販售商品，這時候來到右邊的酒館(Pub)內，發現有支持反抗軍的人，交談後使用野薔薇的密碼就能進入密道。找到一位重傷的士兵，交談後才發現他是深愛著Hilda公主的Kashuan王國王子史考特(Scott)，並告知Borghen公爵已經背叛，除了投向帝國軍的勢力，還成為敵方將領，史考特會在死前留下他的戒指，這時要準備告訴反抗軍此重要訊息……

太空戰士2代的設定，大部分的魔法還是一樣透過商店購買後學習取得，武器則可以進行升級。與前代不同的是取消掉經驗值升等系統，所以玩家可能在遊戲過程當中可以在很短的時間內快速升及或是很久都不會升級，這部分的設定引起玩家反彈，之後出的三代又恢復傳統的升級制度。任天堂紅白機的太空戰士系列遊戲，魔法可以幫助玩家較容易的地完成過關斬將的任務，2代也不例外，別忘了多購買黑魔法跟白魔法!

太空戰士2代的GBA跟PS版本，遊戲品質大幅修改提升，並修改部分劇情。GBA版本全破後，還有魔法大師Minwu的番外篇劇情發展。指令的操作選項有1.攜帶物品(Items) 2.魔法(Magic) 3.裝備(Equipment) 4.狀態(Status) 5.隊形排列(Formation) 6.關鍵字(Key term):在整個冒險中會持續學習到關鍵字，大部分都是用來延續劇情之用 7.遊戲功能設定(Config) 8.存檔(Save)。戰鬥時的選項則有1.攻擊(Attack) 2.魔法(Magic) 3.物品(Items) 4.逃跑(Flee)。

整體而言，劇情的設定相當豐富，可惜被升級系統搞砸，導致銷售量下滑，除此之外仍是一款相當高水準的作品。在GBA的1+2合輯版本，玩家們擊敗敵人後，可以收藏他們的圖鑑，在Bestiary的資料庫中，可以看到他們的優缺點及可能隱藏的寶物。二代的敵人總數有169位，玩家們可挑戰是否能100%全部都收藏。